ДАНИИЛ,
Высокопреосвященнейший Митрополит Токийский и всей Японии
Церковь основана трудами русского миссионера-архимандрита, вспоследствии архиепископа Николая (Касаткина, † 1912), который явился апостолом Православия в Японии. Он прибыл в Японию в 1861 году по решению Святейшего Синода Русской Православной Церкви, а в 1870 году возглавил новоучрежденную Русскую Духовную Миссию в Японии. Святитель Николай перевел на японский язык Священное Писание, богослужебные книги, построил в Токио Воскресенский собор. В 1970 году Русская Церковь причислила к лику святых архиепископа Японского Николая, с именованием — равноапостольный.
В 1970 году Русская Православная Церковь предоставила Японской Православной Церкви автономию.
Каноническая территория — Япония.
Возглавляющий ныне Японскую Автономную Церковь ее Предстоятель Высокопреосвященнейший Митрополит Даниил (Нуширо) родился 5 сентября 1938 года в Японии. В 1965 году окончил Токийскую Православную Духовную семинарию. В январе 1971 года рукоположен во иерея. 20 августа 1999 года в Троице-Сергиевой Лавре принял монашеский постриг с именем Даниил — в честь преподобного Даниила Московского. 14 ноября 1999 года в Богоявленском кафедральном соборе в Москве хиротонисан во епископа Киотоского.
Избрание Высокопреосвященнейшего Даниила Предстоятелем Японской Автономной Православной Церкви состоялось 6 мая 2000 года, чин интронизации был совершен 14 мая того же года.
Титул Предстоятеля: Высокопреосвященнейший Митрополит Токийский и всей Японии
Резиденция Предстоятеля находится в Токио.