С 1 февраля 2009 года (интронизация) Предстоятель Церкви — Патриарх Московский и всея Руси Кирилл, избранный на патриарший престол 27 января того же года на Поместном соборе РПЦ.
Существенная исторически беспрецедентная особенность положения РПЦ после 1991 года (распада СССР) — транснациональный характер её исключительной юрисдикции в пределах бывшего СССР (без Грузии): впервые за всю историю своего бытия Московский Патриархат полагает своей «канонической территорией» (термин был введён в оборот в 1989 году) территорию множества суверенных и независимых государств. Как следствие, её административно-канонические подразделения, находясь в разных странах, функционируют в различных государственно-правовых, общественно-политических и конфессионально-культурных условиях. В результате, с начала 1990-х годов сохраняется канонически ситуации параллельных юрисдикций (или расколов) на Украине, в Эстонии и Молдавии (Украинская православная церковь Киевского патриархата, Украинская автокефальная православная церковь, Эстонская апостольская православная церковь, Бессарабская митрополия).
Согласно сведениям, оглашённым 12 декабря 2008 года управляющим Московской епархией митрополитом Крутицким и Коломенским Ювеналием (Поярковым), в ведении Московского Патриархата было: 157 епархий; 203 архиерея, из них 149 правящих и 54 викарных; кроме того, 14 архиереев пребывало на покое; 804 монастыря: из них в России мужских — 234, женских — 244, в странах СНГ — 142 мужских и 153 женских монастырей, в странах дальнего зарубежья — 3 мужских и 3 женских монастыря; кроме того, 203 подворья и 65 скитов (сюда не включены 16 мужских и 9 женских обителей Русской Православной Церкви Заграницей); в ведении Патриаршего престола находилось 25 ставропигиальных монастырей, в число которых входило 4 мужских и 4 женских обители, находящихся в Москве; Действовало 5 духовных академий, 3 православных университета, 2 богословских института, 38 духовных семинарий, 39 духовных училищ, пастырские курсы Красноярской епархии; общее число духовных школ — 87; при нескольких академиях и семинариях имелись регентские и иконописные школы.
По данным, приведённым на Архиерейском совещании 2 февраля 2010 года Патриархом Кириллом, в РПЦ было 160 епархий, 207 правящих и викарных епископов, 30 142 прихода, 28 434 священника, 3 625 диаконов; 788 монастырей, в том числе 386 мужских и 402 женских.
13 декабря 2007 года Патриарх Алексий II, имея, очевидно, в виду страны за пределами бывшего СССР, сказал: «около 400 приходов имеет за рубежом Московский Патриархат и около 300 приходов — Русская Зарубежная Церковь. Таким образом, сотни приходов сейчас духовно окормляют наших соотечественников за границей.»
РПЦ не ведёт учёта количества своих членов или посещаемости богослужений.
Издательством Московской Патриархии издаются официальные периодические издания Русской Православной Церкви — «Журнал Московской Патриархии», альманах «Богословские труды», и газета «Церковный вестник».
